Cuando se crea una nueva forma de pago es necesario ir al plan de cuentas y configurar la cuenta respectiva como: 

1. Requiere documento y acumula por documento

2. Requiere tercero y acumula por tercero. 

3. En Parametrizar cuentas también es necesario crear la cuenta según sea por cobrar o por pagar (En la barra de herramientas inferior encuentra esta opción)