Este proceso se puede ejecutar desde el examinador de comprobantes, para entrar en este debe ir por Herramientas / examinador de comprobantes

Una vez allí siga los siguientes pasos:

1. busque y seleccione el comprobante a renumerar 

2. de click en la opción "Renumerar" que se encuentra en la parte superior del examinador de comprobantes

3. Esto le abre un recuadro donde debe indicar el tipo y número a renumerar el comprobante seleccionado